농협, 환급가산금 1억여 원 돌려받는다…대법 “증액경정처분 분할납부 아냐”

농업협동조합중앙회가 세무당국을 상대로 과세소송에 승소했으나 일부 돌려받지 못하고 남은 1억여 원의 환급가산금을 전부 지급받게 될 전망이다.

31일 법조계에 따르면 대법원 1부(주심 권순일 대법관)는 12일 농협이 정부를 상대로 제기한 부당이득금 반환소송 상고심에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울중앙지방법원으로 돌려보냈다.

농협은 과세물건 추가, 면적 변동 등을 이유로 2012년(1차)과 2014년(2차) 두 차례에 걸쳐 2009년 귀속 종합부동산세(종부세) 등을 추가 납부했다.

이후 농협은 종부세 부과가 잘못됐다며 처분 취소 소송을 제기해 2016년 승소가 확정되면서 환급금과 환급가산금을 받았다. 과세당국은 농협이 낸 종부세는 같은 과세연도 등에 대한 세금을 1차와 2차에 걸쳐 분할납부한 것으로 보고 환급가산금을 계산해 돌려줬다.

국세기본법상 국세환급금가산금 기산일(날수 계산을 위한 첫날)은 국세 납부일로 하되 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 마지막 납부일로 하도록 규정한다.

그러나 농협은 “1ㆍ2차 증액경정처분에 따른 납부는 세법에서 정한 ‘분할납부’에 해당하지 않는다”며 미지급한 환급가산금 1억4000여만 원을 반환하라고 다시 소송을 제기했다. 분할납부가 아닌 만큼 각각의 세금납부일을 기준으로 환급가산금을 다시 계산해야 한다는 취지다.

1심은 “동일한 과세연도와 과세대상 물건에 대한 최초 부과처분 및 신고납부, 1·2차 증액경정처분에 따른 종부세 납부는 국세기본법상 ‘2회 이상 분할납부된 경우’를 적용해야 한다”며 원고패소 판결했다.

2심도 “국세기본법 시행령은 ‘국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우’라고만 규정하고 있을 뿐”이라며 1심 판단을 유지했다.

이어 “환급가산금은 국가의 부당이득에 대한 법정이자로 실제 조세를 초과 납부한 시점에 부당이득이 개시된다고 보는 것이 환급가산금의 성격에 부합한다”며 “증액경정처분은 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준, 세액을 포함해 다시 결정하는 처분이고, 이 경우 당초 신고, 결정은 독립한 존재가치를 잃는다”고 지적했다.

반면 대법원은 “납세자가 애초의 신고 또는 부과나 증액경정처분마다 각각의 세액을 별도로 납부한 것일 뿐 국세기본법상 ‘분할납부’에 해당한다고 보기 어렵다”고 판단했다.

재판부는 “과세처분이 판결 등에 의해 취소된 경우 효력은 취소된 국세 부과처분이 있었을 당시에 소급해 발생한다”며 “취소 사유에 따른 환급세액이 특정된다면 국세환급금은 각각의 ‘납부일’에 소급 발생한 것으로 봐야 한다”며 2심 재판을 다시 하라고 결정했다.