국세청은 최근 '임대주택 장기보유특별공제(장특공제) 특례'에 관한 조항인 조세특례제한법 97조 3항에 관한 유권해석을 상급 기관인 기획재정부에 요청했다. 공동 명의 등으로 임대사업자의 주택 지분이 1호 미만인 경우에도 이 조항이 규정하는 양도소득세 감면 혜택을 적용할지 따져보기 위해서다. 장기임대주택 사업자가 등록 주택을 8년 이상 임대하고 임대료ㆍ보증금 인상 규정을 지키면 양도소득세를 50% 공제해준다. 임대 기간이 10년 이상이면 공제율은 70%까지 늘어난다.
현재 국세청은 양도세 감면 혜택을 줄 수 없다고 해석한다. 5월 국세청은 아파트 지분 5%씩 총 10%를 자녀에게 증여하려 했던 부부에게 양도세 공제 혜택을 받을 수 없다고 통보했다. 조세특례제한법이 각 개인에 대한 세제 혜택을 규정하는 만큼 소유 주택도 따로 계산해야 한다는 게 근거다. A씨 부부는 각각 임대주택을 0.5채(1채X공동명의 지분율 50%)를 갖고 있으므로 양도세 혜택을 받을 수 없다는 게 국세청 계산이다. 이 경우 A씨 부부가 받을 수 있는 일반 장기보유 특별공제 한도는 많아야 30%로 줄어든다.
이 같은 해석이 알려지자 임대사업자 사이에선 반발이 일었다. 제도 도입 당시 제대로 된 안내도 없다가 갑자기 세제 혜택 대상을 줄였다는 게 이들이 분노한 이유다. 특히 임대사업자 가운데는 절세를 위해 임대사업자 등록과 부부 공동명의를 선택한 이들이 많아 반발이 더 거세다.
국세청 해석은 법원 판례와도 부딫힌다. 대법원은 2017년 "임대주택의 호수를 계산할 때 특별한 사정이 없는 한 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 봐야 한다"고 판시했다. 당시 판결문은 "뚜렷한 법령상의 근거가 없는데도 특례조항을 적용할 때 공동사업자별로 각 임대주택의 지분비율을 합산해 그 호수를 계산하는 것은 허용되지 않는다"고 명시했다. 이에 대해 국세청 측은 법령 보완을 통해 법원 판례와 어긋나는 부분을 해소했다고 설명한다.
법률 전문가들은 "다른 세제에선 지분 소유자도 1주택자로 인정하는 만큼 소송으로 가게 되면 납세자에 유리한 결론이 나올 가능성이 크다고 본다"고 해석한다.
공동명의 임대주택 장특공제 특례 논쟁이 어떻게 흘러갈지는 기재부 손에 달려 있다. 국세청 관계자는 "국세청 해석에 대해 납세자가 기획재정부에 다시 질의를 했고 현재 기재부 담당 부서에서 검토 중"이라고 밝혔다.